Het gebouw waarin Galeri Nasional Indonesia is gevestigd, heeft een bewogen geschiedenis. Oorspronkelijk was dit een koloniaanse woning die rond 1817 werd opgericht. Als bouwmateriaal werden de overblijfselen gebruikt van Kasteel Batavia: een voormalig fort van de VOC. Tegenwoordig kun je nog steeds Nederlandse kenmerken ontdekken als je het museum bezoekt.
Vanaf 1900 stond het gebouw onder toezicht van de Orde van Vrijmetselaren en werd het gebruikt als school. Toen er in 1962 een verbod kwam op de Vrijmetselarij, viel het complex onder de verantwoordelijkheid van de Indonesische regering. Sinds 1999 is Galeri Nasional Indonesia een museum voor moderne en hedendaagse kunst.
