Het beeldje zou ooit een geschenk zijn geweest van Ferdinand Magellaan aan de koningin van Cebu. Volgens de legende raakte Santo Niño zoek, maar werd het teruggevonden door Legazpi toen de kerk werd gebouwd. Tegenwoordig krijgt dit beeldje geen kans meer om kwijt te raken: vele Filipino's weten Santo Niño te vinden.
Het kerkgebouw is meerdere malen afgebrand en herbouwd. Uiteindelijk kwam rond 1739 een stenen versie: de kerk van nu. Omdat het in 1965 vierhonderd jaar geleden was dat het christendom werd ingevoerd in de Filipijnen, heeft de paus deze kerk uitgeroepen tot basiliek. Helaas is in oktober 2013 een klokkentoren ingestort als gevolg van een grote aardbeving.
Als je op zondag deze plek bezoekt, is het een drukte van belang. De kerkgangers -en verkopers- volgen buiten in de schaduw, of onder een afdak, de dienst. Er klinken allerlei gezangen.
De beroemde Santo Niño-beeldjes zijn ook buiten de kerk terug te vinden: in Filipijnse huizen en jeepneys (Filipijns vervoermiddel).
