Ook over de binnenkant van de kerk is onenigheid geweest. Hier bevindt zich een fresco (gebaseerd op Inferno van Dante Alighieri) waarin Mohammed is afgebeeld in de hel. Deze scene is beledigend voor moslims. Voor terroristen gaf dit fresco aanleiding om een aanslag te beramen. Deze aanslag werd gelukkig voorkomen.
Bijzonder is dat de oudste zonnewijzer ter wereld zich in de vloer van Basilica di San Petronio bevindt. Deze zonnewijzer werd ontworpen door de astronoom Giovanni Domenico Cassini. Verder kun je ook een orgel ontdekken die gebouwd is door Lorenzo da Prato. Aangezien dit (nog steeds bespeelbare!) orgel gebouwd moet zijn in de periode 1471-1475, behoort deze tot een van de oudsten ter wereld.
Pompeï in Napels
